实时荧光定量PCR也就是咱们常说的qPCR,是一种在DNA扩增反应中,以荧光化学物质测每次聚合酶链式反应(PCR)循环后产物总量的方法。通过内参或者外参法对待测样品中的特定DNA序列进行定量分析的方法。
咱们实验经常会涉及到qPCR,那做完以后如何判断最后数据是否可靠,或者说能不能用,是否需要重做呢?咱们可以根据以下几点进行判断:
1.Ct值是否在合理范围
什么是Ct值?Ct值就是PCR过程中,扩增产物的荧光信号达到设定的阈值时所经过的扩增循环次数。
Ct值是判断实验成功与否的重要参考,所以应该在合理的范围内,一般来说,CT值应该在 15-35 之间,且复孔间的曲线重复性好。
一般内参基因小于20,并且样品间内参的Ct值差不超过1,表明内参基因表达量稳定。
目的基因Ct值一般是大于内参基因Ct值。如果目的基因Ct值超过了35,也勉强可以用,但可能会影响最后实验结果的判断。所以咱们有条件的话如果遇到Ct值偏大最好再重复一次。
2.熔解曲线
Ct当然是首要看的数据值,但是紧接着就要看溶解曲线了,如果熔解曲线不对,那么Ct再好都要重来。
什么是熔解曲线呢?熔解曲线是指随温度升高DNA的双螺旋结构降解程度的曲线。熔解曲线分析可以用来确定不同的反应产物,包括非特异性产物。
熔解曲线上有特征峰(Tm,DNA双链解链50%的温度),一般通过熔解曲线判断扩增产物是否单一:
1)TM在75-90之间;
2)单峰无杂峰;
3)峰距在5个TM内最好。
3.扩增曲线
扩增曲线(Amplification curve):随着PCR反应的进行,荧光信号强度随着扩增产物的增加逐渐增强,通过荧光强度检测扩增产物量的变化。
理想的扩增曲线是S型,有明显的四个时期:
基线期:扩增曲线的水平部分,扩增的荧光信号被荧光背景信号所掩盖,无法判断产物生成量的变化。
指数期:PCR指数扩增期,扩增曲线起峰,每个循环的产物量与初始模板量符合指数关系,PCR产物量的对数值与起始模板量之间存在线性关系。
线性期:PCR反应后期,由于PCR反应体系各成分的消耗、产物抑制等因素的影响,反应效率降低,产物量与初始模板量不再符合指数关系。
平台期:PCR反应停止,PCR产物不再随循环数增加而增加。由于影响PCR扩增的因素错综复杂,每个反应进入平台期的时间和平台期的高低都各不相同。